ועדת החקירה הרשמית של ישראל לפרשת הצוללות פרסמה את דו"חיה ביום ראשון, ובו מתח ביקורת חריפה על הממשלה, משרד הביטחון, המועצה לביטחון לאומי וחיל הים. הוועדה מסרה כי בהמשך תגיש המלצות אישיות נגד גורמים ישראלים המעורבים בפרשה. ראוי לציין כי הוועדה שלחה חמישה מכתבי אזהרה לגורמים שעשויים להיות מושפעים באופן אישי מתוצאות החקירה, כולל רה"מ בנימין נתניהו.

דו"ח הוועדה קובע כי "הטיפול בנושא מכירת הנשק על ידי בעלות ברית ישראל לצדדים שלישיים, שהוא נושא רגיש מבחינה אסטרטגית, טופל בצורה כאוטית ולא מתוכננת, באופן שסיכן את ביטחון המדינה."

הדו"ח מוסיף כי "האחריות לביטחון המדינה ולניהול סיכוני הביטחון במדינה דמוקרטית מוטלת על נציגי העם הנבחרים, כלומר, ברמה הפוליטית. עם זאת, במשך שנים, ממשלות נמנעו מגיבוש מדיניות ברורה שבאמצעותה ניתן לקיחת אחריות, ושמרו על מנגנון הביטחון במצב של עמימות. במקום לגבש מדיניות ואסטרטגיה, ממשלות קיבלו החלטות אד-הוק והתעלמו מהתמונה הכוללת של צרכי הביטחון באופן שיצר איום על ביטחון המדינה".

הדו"ח קובע כי "הוועדה מצאה כי למרות אחריותו, הקבינט המדיני-ביטחוני לא גיבש מבנה כוחות. חברי הקבינט הודיעו לוועדה כי הם 'חותם האישור' להחלטות שמקבלת מערכת הביטחון".

על פי הדו"ח, "הוועדה מצאה פגמים מבניים הנטועים בתהליך חיזוק הכוחות וקבלת החלטות בנושא רכש ביטחוני, בעלות של מיליארדי שקלים, ובהליכים ביטחוניים-פוליטיים רגישים אחרים, הקשורים לתפקודה של ישראל בנושא מכירת הנשק על ידי גרמניה לצדדים שלישיים".

הוועדה מתחה ביקורת קשה על המועצה לביטחון לאומי תחת היו"ר יוסי כהן ועל חיל הים תחת הגנרל רם רוטנברג.

בדו"ח שלה ציינה הוועדה כי "המועצה לביטחון לאומי כשלה בעבודתה וחרגה מסמכותה. הוועדה מסבירה כי המועצה לביטחון לאומי היא גוף שמטרתו לסייע לממשלה בקבלת החלטות. ראש המועצה לביטחון לאומי וצוותו אינם רשאים להתערב ביישום החלטות שהתקבלו, לרבות בנושאי רכש או בניהול יחסים עם גופים מסחריים".

הוועדה הוסיפה כי "חיל הים חרג לאורך השנים מתקני עבודה מקובלים בכל הנוגע לרכש ונשק. חיל הים תיאם את עמדותיו עם גופים מסחריים, סיפק נתונים מטעים למקבלי החלטות וקציני חיל הים יצרו קשרים עם דרגים פוליטיים, בניגוד לפקודות הצבא".